学院实验中心由微生物与生物化学基础实验室、食品科学与工程专业综合实验室、食品工艺实验室、生物制药专业综合实验室、生物工程专业综合实验室、啤酒及果酒酿造实训平台、好氧发酵实训平台、生物制药GMP实训平台、生物化工虚拟仿真实验教学中心及药植温室大棚等整合而成。学院拥有仪器设备3240台套,设备资产总值6340.53万元,其中10万元以上仪器设备103台套,30万以上仪器设备42台套。实验用房6141平方米,其中本科实验教学用房2840平方米,科研用房3301平方米。学院拥有安徽省工业微生物分子育种工程实验室、安徽省微生物发酵工程技术研究中心、安徽省生物制品与食品检测检验及其标准化技术公共服务平台、安徽省固态发酵工程技术研究中心(古井集团共建)、安徽省微生物药物工程技术研究中心(新宇药业共建)、安徽省米制方便食品工程技术研究中心(同福碗粥共建)等6个省级研究平台。